Если pcmanfm ещё не стоит, то:
$ sudo apt-get install pcmanfm
После установки pcmanfm:
$ cd /usr/bin $ sudo rm thunar $ sudo ln -s pcmanfm thunar
При этом сам Thunar всё равно будет прекрасно запускаться из пунктов меню, т.к. его настоящее название - /usr/bin/Thunar, а thunar - всего лишь ссылка на Thunar.
Дискуссия