Варианты:

• debugfs из состава e2fsprogs
• gEt iT i sAY: http://sourceforge.net/projects/giis/
• e2undel: http://e2undel.sourceforge.net/

Два последних продукта имеют в своём составе библиотеки для отслеживания операций удаления и составления списка удалённых файлов.

P.S. Ни одним из вышеперечисленных способов мне не удалось восстановить удалённый каталог. :/