Переходим в ccsm. (Система - Параметры - Менеджер настройки CompizConfug)
В нем переходим в Утилиты - Wallpapers (в прошлых версиях compiz надо было идти Desktop Cube - Appearance - Background Images).
Добавляем нужное количество обоев.
Вызываем gconf-editor. (Как вариант с помощью Alt+F2)
Идем в apps > nautilus > preference и убираем галочку напротив Show desktop.
Источник: http://efremon.ru/2008/11/raznye-wallpapers-na-rabochix-stolax-v-ubuntu/